在环境矛盾日渐突出的背景下,加强环境行政公益诉讼可以形成对生态环境行政部门的监督和激励。但环境行政公益诉讼在运行中却存在诸多困境,应在目标上"管住"环境领域行政行为的风险,促进公民参与;在运行模式基础上,以经济学的方法寻求制度困境的根源;在路径构建上关注运行整体制度、运行过程中的各个环节及诉后保障的建立。通过运行制度的完善、运行过程的革新和保障机制的塑造促进环境行政公益诉讼的机制优化。