应用ABEEMσπ/GB-SA方法估算4个带电二肽的溶剂化自由能

作者：赵东霞; 张超; 孟祥娜

来源：辽宁师范大学学报(自然科学版), 2019, 42(04): 471-476.

• 氨基酸侧链
• 带电二肽分子
• 原子电荷
• ABEEMσπ可极化分子力场
• 溶剂化自由能

采用B3LYP/6-311++G(d,p)理论水平优化获得体系的稳定几何结构.在相同的理论水平下,使用SMD溶剂模型,计算这些分子在水溶剂中的溶剂化自由能,并以其作为标准值.将各分子的稳定结构作为初始结构,在298 K、NVT系综下,应用ABEEMσπ可极化分子力场,对氨基酸侧链分子的水溶液进行分子动力学模拟,模拟的时间为1ns.平衡后的结构作为训练集,以调节和确定ABEEMσπ的相关参数,最终得到与从头计算相一致的溶剂化自由能.使用相同的参数,计算带电氨基酸二肽的溶剂化自由能,ABEEMσπ的计算结果与从头计算结果具有良好的一致性,表明该参数具有可转移性,这为研究多肽和蛋白质分子的溶剂化自由能奠定了基础.

• 单位
  辽宁师范大学; 化学化工学院