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摘要
目的调查新疆牧场规模化养殖牛携带的细菌多样性以及潜在细菌性人兽共患病致病菌种类,为牛规模化养殖过程中人兽共患病的防治提供科学依据。方法选取新疆地区规模化养殖牧场牛群,同时采集牛鼻咽拭子和牛肛拭子样品,提取全基因组DNA进行宏基因组分析。采用宏基因组二代测序,采用比对Minikrakenv2数据库及生物信息学方法,对该地区牛携带的微生物菌群及其潜在病原菌种类进行分析。结果宏基因组检测结果显示,所有牛样品中微生物菌群均以细菌为主。不同类别牛样品比较发现,牛肛拭子样品和牛鼻咽拭子样品均以厚壁菌门、放线菌门、变形菌门和拟杆菌门占主导地位,但两种类别牛样品的优势菌属各不相同,两者共有的优势菌属为异壁放线菌菌属和芽孢杆菌属。样品中共发现蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌、猪链球菌、肺炎链球菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯氏菌、空肠弯曲杆菌、化脓性链球菌和多杀巴斯德杆菌等9种人兽共患病原菌,其中大部分都是食源性细菌性致病菌。PCoA和ANOSIM生物信息学分析结果表明,两组样品、两个地区牛携带的细菌群落多样性以及潜在的人兽共患病原菌之间的差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论新疆地区规模化养殖牧场牛鼻咽拭子和牛肛拭子样品携带的细菌结构均呈现较丰富的多样性,并检出了以食源性传播为主的人兽共患病原菌,存在一定的食品安全和疾病传播隐患。
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