一种高稳定性酰化黑米花色苷的制备方法,包括以下处理步骤。(1)原料预处理;(2)加湿与细粉碎;(3)制备花色苷浸提液;(4)离心分离;(5)超滤、(6)纳滤、(7)树脂纯化、(8)制备黑米花色苷和(9)酶法酰基化。本发明制得的酰基化黑米花色苷,稳定性得到提高;利用制备型液相色谱分离纯化花色苷修饰产物,得到矢车菊素-3-葡萄糖苷—月桂酸酰化物,纯度≥95%,可作为花色苷理论研究的材料,也可作为天然食品色素。