纳米孔测序技术在腺病毒疫情中实时检测应用研究

作者：李鹏; 杨朗; 林彦锋; 李沛翰; 王凯英; 杨超杰; 贾雷立; 邱少富; 宋宏彬^*

来源：国际病毒学杂志, 2019, (02): 101-104.

• 7型腺病毒
• 纳米孔测序技术
• 掌上测序仪

目的 研究纳米孔测序技术在2019年2月河北省某市一起腺病毒疫情检测中的应用情况,并对不同样本处理结果进行描述和分析。方法 随机选择重症、轻症病例鼻咽拭子各16份,混合富集后通过MinION测序仪直接测序。采用实时荧光PCR方法检测腺病毒,进一步应用MinION对Ct值最低的单个腺病毒阳性样本进行直接测序。结果 8例重症、15例轻症病例荧光PCR检测为腺病毒阳性。MinION测序分别在14 min和22 min检测到混合样本和单个样本中7型腺病毒序列,两者3 h内产生测序数据基本覆盖腺病毒参考基因组。系统发育分析发现疫情毒株与北京一株毒株具有共同遗传来源。结论 纳米孔测序技术可以快速检测疫情感染腺病毒并获得基因组序列,为MinION在新突发、未知或变异病原的检测应用提供了重要参考。