金花菜与苜蓿属主要物种基因组SSR分布特征的比较分析

作者：周勃; 任海龙; 张龑; 高强; 徐麟; 邹集文^*

来源：新疆农业科学, 2022, 59(09): 2217-2223.

DOI：10.6048/j.issn.1001-4330.2022.09.016

• 金花菜
• 蒺藜苜蓿
• 紫花苜蓿
• 基因组
• SSR

【目的】分析金花菜基因组SSR序列的分布特征，并与苜蓿属主要物种进行比较，为金花菜SSR分子标记的开发提供理论依据。【方法】利用MISA软件对金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的高质量基因组进行搜索，比较分析搜索到的SSR序列分布特征。【结果】在金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的基因组中，分别筛选到195 753个，242 434个和390 496个完整的SSR序列，相对密度分别为428、564和478个/Mb,SSR序列的总长度分别为3 611 698、3 657 503和6 307 211 bp，占各自基因组序列总长度的0.79%、0.85%和0.77%。在1～6个不同核苷酸重复单元中，金花菜和蒺藜苜蓿的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多，依次是二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸，而紫花苜蓿的六核苷酸重复单元多于五核苷酸重复单元。A、T、AT、TA、AG和TC是3种苜蓿共有的常见重复单元类型，金花菜基因组低片段长度的SSR比例高于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿。【结论】金花菜基因组SSR的分布密度低于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿，重复单元类型较丰富，具有较大的多态性标记开发潜力。

• 单位
  广州市农业科学研究院; 新疆农业科学院海南三亚农作物育种试验中心; 新疆农业科学院