转录组测序分析非酒精性脂肪性肝炎早期YAP阳性表达肝细胞的功能学特征

作者：曾伟兰; 梁嘉恩; 刘雅雪; 汪艳^*

来源：中华肝脏病杂志, 2022, 30(06): 649-655.

• 非酒精性脂肪性肝炎
• Yes-相关蛋白
• 二代转录组测序

目的基于转录组测序(RNA-Seq), 分析比较非酒精性脂肪性肝炎(NASH)早期小鼠模型中Yes相关蛋白(YAP)阳性肝细胞和YAP阴性肝细胞的差异表达基因(DEGs), 初步了解此类YAP阳性肝细胞的功能学特征。方法蛋氨酸-胆碱缺乏(MCD)饲喂C57BL/6小鼠2周构建NASH早期模型, 对照组为正常饮食。肝组织行苏木精-伊红(HE)、天狼星红染色和病理学评分;免疫组织化学(IHC)观察YAP、p-YAP在肝组织的表达。胶原酶灌注联合Percoll密度梯度离心获取活率大于90%的原代肝细胞。进行YAP抗体标记、流式分选获得YAP阳性和YAP阴性肝细胞并进行RNA-Seq。测序结果用GO、KEGG和相互作用网路的分析方法筛选DEGs。RT-PCR验证模型组肝组织中YAP以及部分DEGs的表达水平。两样本均数比较采用独立样本t检验。结果与对照组相比, MCD诱导小鼠2周的HE染色肝组织可见脂肪变(病理评分1.07±0.21), 伴有小叶炎症(病理评分1.13±0.32)和肝细胞气球样变(病理评分0.80±0.20), 天狼星红染色未见明显肝纤维化(病理学评分0.40±0.40)。IHC显示NASH早期的部分肝细胞YAP表达为阳性。RNA-Seq分析, YAP阳性和YAP阴性的肝细胞分别得到Clean reads为49 310 604条、54 820 036条。与YAP阴性肝细胞相比, YAP阳性肝细胞导致5 565个基因差异表达, 包括上调基因1 662个, 下调基因3 903个。上调基因的GO分析显示, 嘌呤三磷酸核苷和三磷酸核苷等线粒体功能相关的代谢过程为显著富集的生物学过程(BP);下调基因分析到显著富集的BP为嗅觉受体相关过程。KEGG分析显示, DEGs富集到292条通路, 氧化磷酸化(OXPHOS)通路为显著富集信号通路。RT-PCR确认炎症因子(白细胞介素-1β、白细胞介素-6)、YAP及其靶基因(Cyr61、Ankrd1)以及OXPHOS通路的Cox5b、Sdhc基因水平显著上调, 与测序结果一致。相互作用网络分析预测到8个关键基因。结论 NASH早期肝细胞代谢水平的变化可能与YAP活性增加有关。

• 单位
  南方医科大学; 中心实验室