本发明公开了一种底栅顶接触结构的有机薄膜晶体管及其制备方法与应用。所述有机薄膜晶体管结构自下而上依次为衬底、OTS修饰的绝缘层、有源层和源漏电极;或自下而上依次为衬底、铝、OTS修饰的绝缘层、有源层和源漏电极;所述有源层材料为PDQT。本发明以半导体聚合物材料PDQT为有源层,并用OTS修饰绝缘层,可显著提高有机薄膜晶体管对载流子的传输特性,为制备全溶液的全有机薄膜晶体管器件阵列提供参考。