利用全基因组重测序数据检测8个鸭品种基因组拷贝数变异

作者：林燕; 黄敏; 李秀金; 张续勐; 黄运茂; 田允波; 伍仲平^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(09): 3700-3709.

• 鸭
• 全基因组重测序数据
• 基因组
• 拷贝数变异
• CNVs

旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations, CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础。本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)公共数据库中下载的8个鸭品种共78个个体的全基因组重测序数据，采用CNVnator和CNVcaller软件进行全基因组CNVs检测，同时只保留两个软件检测结果中存在至少1 bp重叠的同类型CNVRs,以消除假阳性对试验结果的影响。结果显示，8个鸭品种的CNVs合并后共检测出7 550个CNV regions (CNVRs),其中包括7 098个duplications和452个deletions。这些CNVRs在鸭29条常染色体上呈不均匀分布，总长度为16 111.2 kb,平均长度为2 134 bp,约占鸭基因组的1.51%。此外，本研究在8个鸭品种共筛选到4 304个潜在的品种特异性CNVRs,覆盖1 230个注释基因。通过基因功能Gene Ontology(GO)富集分析，鉴别到38个可能与生长和繁殖相关的CNVRs。本研究共发现7 550个CNVRs,筛选出4 304个潜在的品种特异性CNVRs,并鉴别到38个与鸭生长和繁殖潜在相关的CNVRs,为深入探究CNVs对鸭重要经济性状的影响提供了必要的研究基础。

• 单位
  仲恺农业工程学院; 浙江农林大学; 动物科技学院