分子模拟在生物化学中的应用实例

作者：王春芳; 王靖方; 栗琳; 魏冬青

来源：原子与分子物理学报, 2007, 24(02): 316-320.

DOI：10.3969/j.issn.1000-0364.2007.02.024

• 分子模拟
• 1,3偶极环加成反应
• H5N1高致病性禽流感病毒

分子模拟是一种描述和模拟分子和分子体系运动状态和性质的方法.随着电子计算机技术的飞速发展,分子模拟进入了一个前所未有的新时代.在此之前,人们只能通过机械模型和纸笔计算进行简单的分子模拟,现在通过利用电子计算机人们可以做更为复杂、更为全面的分子模拟.本文通过两个实例来简单阐述了分子模拟在生物化学中的应用.一则是通过模拟膦酰基氧化腈和丙乙腈的1,3偶极环加成反应过程,用密度泛函理论方法在B3LYP/6-31G（d,p）水平上解释了得到2∶1的加成产物的现象,来解释1,3偶极环加成反应得到2:1加成产物的现象.一则是通过结构生物信息学的方法建立H5N1高致病性禽流感病毒蛋白的三维结构,模拟其与一些药物分子的相互作用,研究H5N1的活性中心.

• 单位
  北京大学; 天津师范大学; 中国科学院上海生命科学院; 上海交通大学