大豆幼根差异表达基因GmSTPP-r的克隆及生物信息学分析

作者：金羽琨; 宋阳; **; 孟祥鹏; 王丕武^*

来源：分子植物育种, 2018, 16(20): 6545-6550.

DOI：10.13271/j.mpb.016.006545

• 大豆
• GmSTPP-r
• 基因克隆
• 生物信息学分析

为分离克隆幼苗期大豆根系重要功能的基因,丰富其理论,从大豆吉农18根系突变体的苗期根系中克隆GmSTPP-r基因的c DNA序列,对其编码的氨基酸序列、系统进化树、蛋白质理化性质、基因编码蛋白的亲疏水性、蛋白的二级结构、跨膜结构及信号肽、等进行了生物信息学分析,并与已报道的大豆丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(XM014764732)进行对比。结果如下:利用RT-PCR技术克隆得到长度为935 bp的目的基因片段GmSTPP-r。通过生物信息学分析得知该基因与水萝卜、藜麦间的亲缘关系较近。该基因编码305个氨基酸,是疏水性的碱性蛋白。二级结构预测显示具有α-螺旋(37.70%)、无规卷曲(29.84%)、延伸链区(25.25%)和β-转角(7.21%),无其他二级结构。该基因编码的蛋白不具有信号肽,且无跨膜结构。亚细胞定位预测该基因定位于线粒体内。本研究克隆了基因GmSTPP-r,为该基因进一步研究提供材料,同时利用生物信息学分析预测,为进一步分析鉴定该基因的功能提供理论依据。

• 单位
  吉林农业大学