现行的大学组织结构、学术体制限制着跨学科的发展,而矩阵组织的功能与结构能够符合跨学科联合的目的和需求。虽然跨学科矩阵组织在促进跨学科的发展方面有着明显的优势,但是,矩阵组织内部围绕着资源配置的问题,还隐藏着许多利益冲突,需要从兼顾横向、纵向组织利益,以及矩阵外部的体制、机制上加以调适。