碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌ST11菌株的基因组学特点分析

作者：曹小利; 程莉; 周万青; 张之烽; 张葵; 沈瀚^*

来源：临床检验杂志, 2021, 39(02): 99-104.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2021.02.05

• 肺炎克雷伯菌
• ST11
• 全基因组测序
• 荚膜多糖
• 进化树
• 单核苷酸多态性

目的分析碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP) ST11菌株的基因组学特点。方法挑取南京地区流行的3株CRKP-ST11菌株,提取基因组DNA,进行全基因组学测序,获得拼接后的全基因组。同时,从NCBI数据库中下载HS11286(中国上海)、JM45(中国杭州)、ATCC BAA-2146(美国/印度)的基因组为对照菌株,进行基因组GC碱基含量、单核苷酸多态性、亲缘关系及荚膜多糖(CPS)基因簇结构分析。结果 CPS基因簇的G+C含量大多<50%,不同于染色体其他部分,是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点;进化树分析显示南京地区分离的3株CRKP-ST11菌株与上海、杭州的CRKP-ST11亲缘关系相近,与美国/印度的CRKP-ST11较远。这3株CRKP-ST11的CPS基因簇一致,与杭州、上海及美国/印度的3株CRKP-ST11菌株的差异主要在CPS可变区。结论 CPS是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点,可能是CRKP-ST11菌株的主要进化区,CRKP-ST11的流行可能与CPS基因簇可变区有关,具有地域特点。

• 单位
  鼓楼医院; 南京大学