宁夏部分地区野鸟携带病毒的宏基因组分析

作者：于春微; 施建忠; 王靖飞

来源：中国预防兽医学报, 2016, 38(06): 443-447.

• 病毒宏基因组
• 野鸟
• 高通量测序

为了解宁夏野鸟携带病毒的自然本底和多样性,发现潜在感染人或畜禽的病毒,本研究利用病毒宏基因组学技术对在宁夏石嘴山市、中宁市和青铜峡市采集的14种119只野鸟粪便样品进行了分析。提取全部样品核酸,经随机引物扩增后进行Illumina高通量测序,利用SOAPdenove软件将获得的32 385 000个读长(reads)拼接成163 192个重叠序列(Contig),再与NCBI病毒数据库中的序列进行比对,分析样本中病毒的种类及丰度。通过序列注释分析显示,0.4%重叠序列与病毒相关,能够进一步注释到19个病毒科,其中63%的病毒序列为噬菌体,33%的为脊椎动物病毒,3%的为昆虫病毒,1%的为植物病毒,在注释到的脊椎动物病毒中包含有禽流感病毒、札幌病毒等人畜共患性病毒。本研究结果丰富了野鸟携带病毒的基础数据资源,同时提示宁夏地区野鸟存在传播一些重要人兽共患病的潜在风险。

• 单位
  东北农业大学; 兽医生物技术国家重点实验室; 中国农业科学院哈尔滨兽医研究所