仇兆鳌著录杜诗异文往往直接采用前人的著录,有时也会“同义替换”他人记载的异文,亦或是根据注释增加异文。仇兆鳌著录异文的原因和他“求博”“讨故”“汰脞”“辨穿凿”和“补阙”的思想有关。他著录异文的方法也有弊端:沿用他本文献记载的失误;简写导致文献指向不明;转引文献,导致文献版本不清晰;抄错文献、未标注原始文献出处导致文献追溯困难。