整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响

作者：王倩; 王小钦; 陈燕珍; 赵光杰; 吴宛玲; 李念夷^*

来源：复旦学报(医学版), 2021, 48(01): 17-25.

• 骨髓增生异常综合征(MDS)
• 长链非编码RNA
• ABAT基因
• 基因芯片分析
• 共表达网络

目的构建具有骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)特征的整合调控网络,从中筛选出调控ABAT(4-aminobutyrate aminotransferase)基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),并初步探讨其在MDS中的表达和功能。方法采用甲基化芯片和全基因组表达谱基因芯片对MDS患者和对照者的骨髓标本进行差异基因筛选,将筛选出的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)、差异甲基化基因(differentially methylated genes,DEMs)、差异表达LncRNA(differentially expressed LncRNAs,DELs)进行整合分析,构建共表达调控网络,从中筛选出与ABAT基因具有相关性的LncRNA-SET2-1。采用qRT-PCR检测MDS患者和对照者骨髓标本中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平,并在MDS转白细胞系SKM-1、急性白血病细胞系THP-1,以及对照细胞系HEK-293T中检测LncRNA-SET2-1的表达水平。建立稳定过表达LncRNA-SET2-1的SKM-1、THP-1细胞系,qRT-PCR检测ABAT表达变化、CCK-8法检测细胞增殖活力变化、流式细胞术检测细胞凋亡变化。并在ABAT敲减的SKM-1、THP-1细胞中检测LncRNA-SET2-1表达变化。结果通过共表达调控网络分析,筛选得到LncRNA-SET2-1与ABAT的相关性最高。MDS患者及SKM-1、THP-1细胞中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平均显著下调(P<0.0001)。LncRNA-SET2-1过表达后,ABAT的表达量显著上调(P<0.01),而ABAT敲减后,LncRNA-SET2-1的表达量未发生显著变化。LncRNA-SET2-1过表达后,SKM-1、THP-1细胞的增殖活力显著下降,而凋亡细胞比例显著升高。结论LncRNA-SET2-1可能为ABAT的上游调控分子。LncRNA-SET2-1在MDS患者和MDS转白细胞系中均异常低表达,具有抑制MDS转白细胞增殖活力及促进细胞凋亡的功能。

• 单位
  复旦大学附属华山医院