病原菌感染斑马鱼胚胎差异表达基因的生物信息学分析研究

作者：迟彦; 彭程程; 郝予嘉; 郭瀚泽; 朱莹莹; 李佳芮

来源：辽宁师范大学学报(自然科学版), 2021, 44(04): 484-494.

• 天然免疫
• 斑马鱼
• 差异表达基因

为研究斑马鱼和病原菌之间的相互作用分子机制提供理论依据.以斑马鱼胚胎感染迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)和鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的GEO表达谱数据库(GSE35474)为分析对象,利用R语言筛选出感染8h后的差异表达基因,并对差异表达基因进行功能富集分析,构建蛋白质互作关系网络,筛选hub基因.斑马鱼胚胎受鼠伤寒沙门氏菌和迟钝爱德华氏菌侵染后,差异表达基因一共127个,GO功能富集和KEGG分析结果显示差异表达基因主要参与炎症反应和天然免疫反应过程,主要组成为细胞质和细胞外区域或空间,主要具有转录因子活性、序列特异性DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ转录因子活性等分子功能.主要参与Toll样受体信号通路、JAK-STAT信号通道、MAPK信号通路等.通过蛋白质互作关系网络得到8个可能参与天然免疫过程的关键基因,分别是TNFα、TNFβ、SOCS、IRF1、STAT3、MMP9、FOS、NF-κB.

• 单位
  大连大学; 生命科学学院; 辽宁师范大学