基于分子对接的thanatin与NDM-1分子动力学模拟研究

作者：史祥睿; 代宇婕; 张弢; 张庆华^*; 刘威^*

来源：化学通报, 2021, 84(11): 1237-1242.

DOI：10.14159/j.cnki.0441-3776.2021.11.016

• NDM-1
• thanatin
• 分子对接
• 动力学模拟
• 活性

耐碳青霉烯类抗生素的超级细菌给人类健康带来了严重威胁,其所携带的金属β-内酰胺酶编码基因是耐药性的主要来源。NDM-1作为其中传播最广、活性最强的β-内酰胺酶,其抑制剂的研发刻不容缓。具有广谱作用的抗菌肽thanatin对NDM-1展现出了较好的抑制效果,但抑制机理并不清楚。本文使用HPEPDOCK与Rosetta FlexPepDock服务器,将thanatin与NDM-1进行了分子对接,并使用Desmond软件包对对接模型进行了分子动力学模拟。结果表明,thanatin与NDM-1活性中心的Zn2+并无直接相互作用,而是作为竞争性抑制剂结合于NDM-1的活性口袋,阻止抗生素分子进入活性口袋与Zn2+结合,从而抑制NDM-1的水解活性。本文为研发有效的NDM临床抑制剂探索了可行的方法。

• 单位
  中国人民解放军陆军军医大学; 沈阳化工大学; 大坪医院