基于生物信息学的系统性红斑狼疮枢纽基因及治疗药物的分析

作者：文路遥; 张贝; 周丽卿; 刘熔增; 史晓飞^*

来源：空军航空医学, 2023, 40(01): 62-68.

• 系统性红斑狼疮
• 生物信息学
• Ⅰ型干扰素
• 微小RNA
• 靶向药物

目的 通过生物信息学的方法分析系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）并进行药物预测，为探索SLE的病理机制、寻找潜在靶向药物提供方向。方法 从GEO数据库中下载GSE185047、GSE88884和GSE72509的基因表达数据，使用R语言limma包筛选出各个数据库DEGs并取交集，利用DAVID、STRING等数据库对DEGs富集分析并识别枢纽基因，此外，GSE50635被用来验证枢纽基因。进一步利用miRTarbase数据库识别调控枢纽基因的miRNA并构建miRNA-mRNA调控网络，最后使用DSigDB数据库筛选潜在治疗药物。结果 最终得到76个共同DEGs。GO富集分析表明DEGs主要涉及了病毒相关反应及Ⅰ型干扰素信号通路等生物学过程。KEGG富集到了甲型流感病毒、新型冠状病毒（COVID-19）及NOD样受体等信号通路。筛选获得了20个枢纽基因（STAT1、RSAD2、IFIT3、IFIH1、ISG15、DDX58、MX1、IFI44L、IFI44、OAS2、IFIT1、OAS3、OAS1、IFI35、XAF1、IFIT2、DDX60、OASL、IFI6、RTP4）、11个调控枢纽基因的miRNA及7种可能成为治疗SLE潜在药物的小分子化合物。结论 筛选到的枢纽基因及靶向药物可能为深入研究SLE病理机制、寻找潜在早期诊断标志物和新型治疗药物提供依据。

• 单位
  基础医学院; 河南科技大学; 河南科技大学第一附属医院