胃癌相关易感基因的生物信息学分析

作者：李玲; 苏韫; 刘永琦; 骆亚莉; 张丽英; 王凤梅; 任春贞; 卢志伟; 柳峰峰

来源：中华中医药杂志, 2018, 33(06): 2390-2394.

• 胃癌
• 易感基因
• 生物信息

目的:归纳分析胃癌易感基因的相关文献,并进行生物信息学分析,为进一步的研究提供参考依据。方法:检索Pub Med、Embase、中国知网数据库、万方数据库2006年1月1日至2015年12月31日发表的文献,摘录胃癌易感基因并进行GO分类、KEGG通路分析、在线STRING 9.05软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图、Cytoscape2.8.2软件可视化分析。结果:共检索有效文献405篇,摘录胃癌相关易感基因188个,不同分级的GO分类201种,KEGG通路13种,这些基因主要与细胞损伤修复、免疫反应、细胞周期调节、炎性反应、DNA损伤修复、凋亡和抗原递呈等有关。KEGG通路主要是参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞凋亡、Toll样受体信号通路、谷胱甘肽代谢、MAPK信号转导通路、脂肪酸代谢等。其中178个可翻译成蛋白的蛋白与蛋白相互作用网络图,提示这些基因的表达产物大部分存在密切的相互关系。进一步可视化及量化,筛选出TP53、VEGF-α、SOD2、TNF、STAT3、BRCA1、PTGS2、PTEN、TGF-β1 9个基因蛋白网络节点度数超过30。结论:TP53、VEGF-α、SOD2、TNF、STAT3、BRCA1、PTGS2、PTEN、TGF-β1 9个基因可能为胃癌易感关键基因。

• 单位
  甘肃中医药大学