结合区域创新系统发展过程中的生态学特征,考虑到评价者的认知局限性和风险心理特征,提出了一种新的区域创新系统评价方法.方法给出了基于生态位适宜度理论的评价指标体系,以评价者期望靶心为参考点确定益损评价矩阵,定义正负生态位最适值,确定正负前景评价矩阵,并以评价者期望和公平竞争原则构建生态因子指标权重模型,根据综合前景值确定区域创新系统排序.最后,通过实例说明了方法的合理性和有效性.