河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析

作者：卢洪洲; 尹春煜; 蒋卫民; 胡越凯; 赵清霞; 何云; 孙洪清; 潘孝彰; 翁心华

来源：中华传染病杂志, 2004, (06): 20-24.

• HIV-1
• 基因
• gag
• 序列分析

目的　了解河南及上海地区人类免疫缺陷病毒 (HIV)感染者 p2 4蛋白编码区的基因变异性以及亚型的分布状况。方法　收集 37份HIV 1感染患者的血浆标本 ,河南 2 5份 ,感染途径主要是有偿供血 ;上海 12份 ,主要是血制品感染及性接触感染。采用逆转录和套式聚合酶链反应 (PCR)扩增并直接测序 ,然后进行序列比对及进化树分析。结果　 83.8% (31/ 37)为B亚型 ,河南患者中 2 3例为B亚型 ,2例为A亚型 ;上海患者中 8例为B亚型 ,1例为A亚型 ,2例为CRF0 1-AE亚型 ,1例为CRF0 2 -AG亚型。与国际共享序列相比 ,B亚型 p2 4编码区中发生核苷酸改变的位点比例河南为1.6 %～ 4 .2 % ,平均 3.2 % ;上海为 2 .0 %～ 3.8% ,平均 3.4 %。在所有变异位点中均未发现连续G >A的高度突变。两组B亚型内平均基因离散率分别为 3.7%和 3.5 % ,B亚型与其他亚型之间的基因离散率则为 11.1%～ 12 .5 %。河南及上海地区B亚型共享序列与国际共享序列进行比对 ,氨基酸变异的比例均为 2 .2 % (5 / 2 31) ,其中有 3个变异位点相同 ,分别为A14P、I91V及E180D ,而这两个共享序列之间的差异仅为 0 .9% (2 / 2 31)。进化树分析亦表明所有样本中大多为B亚型 ,且与源自泰国的B’亚型相距较近。结论　河南及上海地区的B亚型之间有较高的同源性 ,p2 4?

• 单位
  复旦大学附属华山医院; 郑州市第六人民医院