小球藻叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：梁皓辉; 符虹宇; 黎钊坪; 李雁群^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(17): 5665-5673.

DOI：10.13271/j.mpb.018.005665

• 小球藻(Chlorella sorokiniana)
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性

本研究以小球藻(Chlorella sorokiniana)叶绿体基因组序列为材料,选取其中以ATG为起始密码子且长于300 bp的38条非重复编码序列为研究对象,利用CodonW、CUSP、Excel等软件分析其密码子使用特征。结果表明,小球藻叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(ENC)分布在30.18～61.00之间,其密码子偏好性不强,GC3S的含量仅为29%,表明密码子中的第3位碱基以A/T结尾为主;有效密码子数与GC3S的相关性达到极显著水平。中性绘图分析、ENC-plot分析、PR2-plot分析结果表明,小球藻叶绿体基因组密码子的偏好性主要受自然选择的影响。最终确定TTT、TTA、CAA、CCA、ATT、GTT、TCA、ACA、GCT、TAT、TGA、CAT、AAT、AAA、GAT、GAA、CGT和GGT 18个高频高表达密码子为最优密码子。研究结果对小球藻资源的开发利用具有重要意义。

• 单位
  广东海洋大学