空心莲子草MTP基因家族的鉴定、特征及表达分析

作者：杨蕾; 蒋昕晨; 杨杰; 夏雨晨; 陈中义; 马东方; 朱永兴; 尹军良^*

来源：草业科学, 2020, 37(08): 1516-1527.

• 生物信息学分析
• 重金属
• CDF家族
• 锌转运蛋白

金属耐受蛋白(MTP)是阳离子转运蛋白家族(cation transporter family,CDF)的重要成员,在植物重金属转运及解毒中发挥关键作用。为系统鉴定和分析空心莲子草MTP基因家族(ApMTP),本研究以模式物种MTP序列作为种子序列,BLASTP比对空心莲子草氨基酸序列数据库,成功鉴定到40个ApMTP候选,随后对它们进行了系统发育、保守结构域、基因结构等生物信息学分析。结果表明:鉴定到的40个ApMTP中,大部分成员含有2～6个跨膜结构域(transmembrane domain,TMD);系统发育分析将40个ApMTP分为Fe/Zn-CDF(7)、Mn-CDF(20)和Zn-CDF(13) 3个亚家族;在Zn-CDF和Zn/Fe-CDF亚家族ApMTP的TMD-Ⅱ和TMD-Ⅴ上或附近识别到保守基序HXXXD,在Mn-CDFs亚家族的TMD-Ⅱ和TMD-Ⅴ上识别到保守基序DXXXD。表达模式分析发现,ApMTP具有组织特异性表达和响应根部低钾等不同处理的特征。

• 单位
  长江大学