新时代高校基层党组织建设工作中存在的问题主要有政治功能发挥不够、战斗堡垒作用不明显、个别党员"四个意识"淡化、组织活动机制不健全等,解决当前高校基层党组织中存在的问题的主要对策需把政治建设放在第一位,充分发挥党组织的战斗堡垒作用,加强党员"四个意识"的教育,进一步落实主体责任。