2017—2019年猪德尔塔冠状病毒广西流行毒株遗传多样性分析

作者：严瑾; 施开创; 黎宗强^*; 尹彦文; 陆文俊; 屈素洁

来源：中国兽医科学, 2020, 50(09): 1147-1158.

DOI：10.16656/j.issn.1673-4696.2020.0163

• 猪德尔塔冠状病毒
• S基因
• M基因
• N基因
• 遗传多样性

为了解广西壮族自治区猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)流行毒株的遗传变异情况,采集2017—2019年广西各地病猪腹泻病料,采用RT-PCR方法检测PDCoV,并对阳性样品进行扩增、测序,共获得S、M、N基因序列各16株。同源性分析显示,S、M、N基因核苷酸序列同源性在广西流行毒株之间分别为95.8%～99.9%、95.9%～100%和97.9%～99.9%,在广西流行毒株与国内外参考毒株之间分别为95.1%～100%、95.0%～100%和96.3%～99.9%。序列比对显示,广西流行毒株S1蛋白区域存在氨基酸序列的突变及插入,不同流行毒株之间存在一定差异。基于S、M、N基因核苷酸序列绘制遗传进化树,获得相似的拓扑结构图,均可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三个群,Ⅰ群毒株来自美国、日本、韩国等,Ⅱ群毒株来自中国,Ⅲ群毒株来自中国、越南、老挝、泰国等;广西流行毒株主要分布在Ⅱ群,个别毒株分布在Ⅲ群,部分毒株单独形成一个小分支。遗传进化速率计算显示,广西流行毒株及国内外参考毒株S、M、N基因的平均进化速率为2.57×10-4、2.07×10-4、1.70×10-4substitutions/site/year,S基因进化速率最快。结果表明,PDCoV广西流行毒株间S、M、N基因序列存在遗传变异现象,具有遗传多样性。

• 单位
  广西壮族自治区动物疫病预防控制中心; 广西大学