柯萨奇病毒A2型深圳株SHZH13-01全基因组序列特征分析

作者：蔡春林; 姚相杰; 卓菲; 何雅青; 杨贵清

来源：中华微生物学和免疫学杂志, 2014, 34(10): 770-773.

DOI：10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2014.10.008

• 柯萨奇病毒A2型
• 全基因组
• 序列分析

目的了解深圳地区柯萨奇病毒A2型(CVA2)SHZH13-01株的基因特征,研究CVA2的进化及变异状况。方法应用RT-PCR法扩增SHZH13-01株全基因组,PCR产物纯化后进行序列测定和基因进化分析。结果 CVA2-SHZH13-01株的全基因组由7400个核苷酸组成,编码2191个氨基酸。病毒的5′非编码区(UTR)、P1(VP1VP4)、P2、P3、3′非编码区和全基因组的核苷酸与近年香港分离的新型重组CVA2-HK(431306)序列同源性最高,分别为98.3%、98.8%、99.0%、99.2%、98.8%,98.9%。而与其他肠道病毒相比,SHZH13-01在结构蛋白P1区与CVA2国际原型株Fleetwood同源性最高,达81.6%,而在非结构蛋白区P2、P3与EV71病毒来自同一分支,同源性达82.8%88.7%。根据系统进化分析,深圳SHZH13-01病毒株属于CVA2-HK(431306)病毒变异株。通过与CVA2-HK(431306)衣壳区氨基酸比对,CVA2-SHZH13-01的变异位点变化情况为:aa5L→F,aa666S→G,aa671T→I。结论柯萨奇病毒A2型深圳株SHZH13-01属于香港新型重组CVA2-HK(431306株)的变异株。

• 单位
  深圳市罗湖区疾病预防控制中心; 深圳市疾病预防控制中心