基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现

作者：费辉; 张云泉; 王靖

来源：计算机科学, 2012, (06): 285-288.

• 非标记定量
• 蛋白质组
• QuantWiz
• GPU
• 并行计算 Label-free quantification
• Proteome
• Parallel computing

QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学。实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案———GPU-QuantWiz,并进行了实现。性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果。同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。

• 单位
  中国科学院软件研究所; 中国科学院研究生院; 计算机科学国家重点实验室