两广小花猪FOXL2基因多态性及其与几个重要经济性状的关联分析

作者：廖伟莉; 张笑科; 曾检华; 阳林芳; 李硕; 胡梦婷; 郭懿萱; 陈赞谋; 张豪; 李加琪; 袁晓龙^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(03): 956-965.

• 卵巢
• 屠宰性状
• FOXL2
• SNPs
• 单倍型

旨在筛选FOXL2(forkhead box protein L2)基因与猪排卵状态和屠宰性状相关的SNPs位点，为今后两广小花猪分子育种和遗传改良提供理论和参考依据。本研究以107头(365±25)日龄两广小花猪为研究对象，使用靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing, GBTS)技术定位FOXL2基因的SNPs位点，对排卵状态、乳头数和屠宰性状进行关联分析和单倍型分析。两广小花猪FOXL2基因共检测到24个突变位点。剔除InDel突变和突变频率小于1%的SNP位点后，对得到的12个SNPs进行关联分析，其中2个位于编码区、10个位于非编码区。单SNP位点关联分析表明，g.79706726 T>C、g.79706898 C>T、g.79707794 T>C、g.79709005 T>C这4个位点对排卵状态均有显著性影响(P<0.05),对总乳头数性状无显著性影响(P>0.05)。g.79707040 A>G、g.79708079 T>C、g.79708152 G>T、g.79706726 T>C、g.79706898 C>T、g.79707794 T>C这6个SNPs位点对骨重、瘦肉率、腿臀重、左胴体重性状均有显著性影响(P<0.05),其中3个SNPs位点g.79707040 A>G、g.79708079 T>C、g.79708152 G>T对板油重性状有显著性影响(P<0.05)。SNP位点单倍型组合关联分析发现，g.79706726 T>C、g.79706898 C>T、g.79707794 T>C这3个位点处于强连锁区域内(r2>0.9)。H1H2单倍型组合(g.79706726 T>C和g.79706898 C>T)对排卵状态、骨重、瘦肉率、腿臀重、左胴体重性状均有显著性影响(P<0.05),其中CCTT单倍型个体的骨重、腿臀重和左胴体重性状显著高于TTCC单倍型个体(P<0.05),CCTT单倍型个体的瘦肉率性状显著低于TTCC单倍型个体(P<0.05)。FOXL2基因中有与排卵状态显著相关的g.79706726 T>C、g.79706898 C>T、g.79707794 T>C、g.79709005 T>C等SNPs位点。另外，本研究发现了FOXL2转录因子与猪屠宰性状相关的SNPs位点，表明FOXL2转录因子除了维持卵巢表型和功能以外，还影响猪的重要经济性状。本研究为FOXL2基因在两广小花猪的选种选育中提供重要参考，为分子标记辅助选择提供理论依据。

• 单位
  华南农业大学; 广东壹号地方猪研究院有限公司; 广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室