基因位置可以用于预测基因调控关系(英文)

作者:Jun MENG; Wen-yuan XU; Xiao CHEN; Tao LIN; Xiao-yu DENG
来源:Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology), 2018, 19(01): 25-37.

摘要

目的:证明基因位置顺序与基因调控顺序的关系,说明利用基因位置顺序信息可以作为预测基因调控关系的先验知识。创新点:通过研究与斑马鱼心脏发育阶段有关的基因和mi RNA,利用时空邻域法,建立了一个基于时间的基因调控网络。通过这个基因调控网络,我们获得了一些特殊的基因调控通路和基因之间调控的时间顺序。通过研究斑马鱼心脏发育阶段有关的基因在染色体上的位置,将基因位置顺序与基因调控时间顺序比较,我们发现了这两个顺序具有逆转现象。这个逆转现象的存在,可以帮助我们利用基因位置顺序来预测基因调控关系和调控的时间顺序。方法:采用时空邻域法研究了斑马鱼心脏发育阶段的基因和mi RNA,建立基因调控网络(图5),并通过进一步比较,得到了基因位置顺序和基因调控时间顺序的联系。结论:基因位置顺序信息可以用于预测基因调控关系。