人前列腺癌组织DLL3基因生物信息学分析

作者：张宁; 盛爱民; 马世堂^*

来源：安徽科技学院学报, 2020, 34(04): 37-42.

DOI：10.19608/j.cnki.1673-8772.2017.0834

• 生物信息学
• DLL3基因
• 蛋白结构
• 前列腺癌
• 表达水平

目的:研究人源前列腺癌组织DLL3基因生物信息学。方法:利用NCBI、ProtParam、DNASTAR、STRING、BioGPS、GEPIA、CCLE、TIMER等8个生物信息学平台,分别对人源DLL3基因序列、蛋白质理化性质、二级结构、疏水性以及DLL3基因在前列腺癌组织的表达情况进行分析。结果:人DLL3基因编码区长1857 bp,共618个氨基酸,分子式为C2791H4376N846O825S51,相对分子质量为64617.68,理化性质不稳定,二级结构以无规则卷曲为主,是一种亲水性蛋白质。通过BioGPS数据库分析DLL3 mRNA在正常的前列腺组织、T细胞和B细胞中DLL3表达水平较低;GEPIA显示在前列腺癌组织中DLL3的表达水平有所升高;CCLE显示在前列腺癌组织的T细胞中DLL3处于低表达,但在B细胞中表达略有升高。TIMER显示在前列腺癌免疫微环境中,DLL3的表达水平与免疫细胞B细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞、CD4+T细胞、中性粒细胞和树突状细胞呈负相关,共表达量下降,但与肿瘤纯度呈正相关(偏相关系数partial.cor=0.187),表达量增加。结论:利用生物信息学方法对人DLL3基因及其蛋白进行研究,为前列腺癌等疾病的研究和相关药物研发提供相应参考。

• 单位
  安徽科技学院; 安徽理工大学