印度华首线虫核糖体和线粒体基因序列多态性分析

作者：周成艳; 马君; 刘伟; 徐前明; 朱兴全^*

来源：中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2019, 37(01): 81-86.

• 印度华首线虫
• 核糖体DNA
• 线粒体DNA
• 序列分析

目的分析印度华首线虫的核糖体基因和线粒体基因序列,探讨其作为分子标记的应用潜力。方法 2016年6月,于湖南省长沙市长沙县榔梨镇捕捉到2条野生大王蛇,并从蛇体内分离获得7条印度华首线虫。提取7条印度华首线虫基因组DNA, PCR扩增核糖体DNA内转录间隔区1和2 (ITS-1和ITS-2)、 5.8S、线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基1 (cox1)、核糖体RNA小亚基12S、 ATP酶亚基6 (atp6)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基4 (nad4)基因,测序。采用ClustalX 1.83软件拼接各基因测序结果,并进行多序列比对。基于cox1、 12S、 atp6、 nad4线粒体基因序列,以旋盘尾丝虫为外群,采用贝叶斯(BI)法构建系统进化树,分析7条印度华首线虫PCR扩增序列的种内变异。结果ITS-1、 5.8S和ITS-2扩增产物长度约为900 bp, cox1、 12S、atp6和atp4扩增产物长度依次约为400、 600、 500和400 bp。ITS-1、 5.8S和ITS-2的A+T含量为52.6%～53.7%,高于G+C含量(46.3%～47.4%), cox1、 12S、 atp6和atp4的A+T含量分别为67.1%～68.9%、 76.9%～77.4%、 73.0%～75.5%和70.3%～73.3%,均高于其G+C含量(31.1%～32.9%、 22.6%～23.1%、 24.5%～27.0%和26.7%～29.7%)。ITS-1、 5.8S、 ITS-2、 cox1、 12S、 atp6和atp4的种内变异依次为0～2.5%、 0、 0～5.0%、 0～2.6%、 0～3.7%、 0.7%～8.7%和0～11.0%。7条印度华首线虫线粒体基因序列聚于一支,与钩口科锡兰钩口线虫的亲缘关系最近。结论印度华首线虫核糖体基因序列中ITS-2变异程度最大,有望成为研究印度华首线虫种内变异的理想分子标记。线粒体基因序列变异程度从低到高依次为cox1 <12S <atp6 <nad4, nad4是研究印度华首线虫遗传多样性的理想线粒体分子标记。

• 单位
  动物科技学院; 安徽农业大学; 中国农业科学院兰州兽医研究所; 湖南农业大学; 家畜疫病病原生物学国家重点实验室