ST37型艰难梭菌分子流行病学研究

作者：陈熔; 吕晓菊

来源：中国抗生素杂志, 2023, 48(01): 101-106.

DOI：10.3969/j.issn.1001-8689.2023.01.015

• 艰难梭菌
• 抗生素相关性腹泻
• 多位点序列分型
• 单核苷酸多态性

目的 应用全基因组分析方法对艰难梭菌感染可能的暴发流行进行识别和调查，为艰难梭菌感染防控提供可靠的分子流行病学基础。方法 对8株ST37型艰难梭菌进行第二代高通量测序，并完成序列的拼接和注释。通过对其核心基因组进行SNP分析，根据SNP数量以及相关临床资料分析有无院内暴发流行。同时将Genbank中公布了全基因组序列的艰难梭菌，进行MLST分析，对其分析结果为ST37的菌株与本研究中的8株菌株进行SNP分析比较，了解这8株菌的可能来源。结果 以最早收集的菌株WCHCD770作为参照，其他7株菌株的SNP值，最大为59，最小为38，提示它们并不是近期发生的传播事件。而这8株菌两两相互进行SNP计算，其中WCHCD1577、WCHCD1641仅为10，提示它们可能来源于一个克隆，可能存在院内传播。通过分析比较这8株菌与Genbank中的其他ST37型艰难梭菌发现，它们的致病决定区(PaLoc)序列完全相同，证实了ST37型艰难梭菌的PaLoc在世界范围克隆传播，同时对它们的SNP比较分析，发现WCHCD1577、WCHCD1641、WCHCD1216、WCHCD109、WCHCD159与2006年在爱尔兰分离的菌株M68的SNP最小，WCHCD770、WCHCD1262、WCHCD1450与加拿大分离的菌株VL-0005的SNP最小。提示这些菌株的可能来源。结论 8株ST37型艰难梭菌可能存在克隆传播，值得感染防控重视。

• 单位
  四川大学华西医院; 四川省南充市中心医院