两种软珊瑚EST-SSR通用性引物的研发

作者：王沛政; 盖如新; 夏利栋; 董娴娴; 郁强

来源：海南热带海洋学院学报, 2023, 30(02): 17-24.

DOI：10.13307/j.issn.2096-3122.2023.02.03

• 短指软珊瑚
• 花环肉质软珊瑚
• 转录组测序
• EST-SSR
• 通用性

基于短指软珊瑚(Sinularia ceramensis)和花环肉质软珊瑚(Sarcophyton ehrenbergi)转录组数据，比较了上述两种软珊瑚转录组SSR序列的差异。利用合成的100条EST-SSR引物和4属11种30株软珊瑚样本进行通用性筛选。研究表明，在短指软珊瑚和花环肉质软珊瑚转录组数据中分别检测到2 914个和2 335个微卫星，两种软珊瑚最多的重复类型均为三核苷酸序列重复，优势重复基元均为TA/AT。筛选出8对扩增稳定的EST-SSR引物，Sinularia属和Sarcophyton属的扩增率分别为87.50%和96.43%,Aldersladum属的扩增率为56.25%,Lobophytum属的扩增率为37.50%。这8对种属间通用性较好的EST-SSR标签序列能为今后软珊瑚多样性研究提供借鉴。

• 单位
  海南热带海洋学院