葡萄WRKY转录因子家族全基因组分析

作者：李成慧; 蔡斌

来源：经济林研究, 2013, (04): 127-131.

DOI：10.14067/j.cnki.1003-8981.2013.04.023

• 葡萄
• WRKY基因
• 生物信息学
• 进化
• 全基因组分析 grape
• WRKY gene
• bioinformatics
• evolution
• genome-wide analysis

为了给进一步开展葡萄WRKY基因家族的功能和分子进化机制的研究提供理论依据,利用葡萄全基因组数据,采用生物信息学的方法,在葡萄全基因组水平上对葡萄WRKY基因家族进行了系谱进化关系、保守模体、共线性关系及表达情况等方面的分析。结果表明,葡萄基因组中共存在55个WRKY基因,命名为VvWRKY1～VvWRKY55,这些WRKY基因归属于7个亚家族。共线性分析结果表明,亚家族Ⅱb的6个成员可能起源于形成葡萄物种的"古代六倍体化"事件。对公共数据库中葡萄RNA-Seq数据的分析结果表明,有9个WRKY基因对生物和非生物胁迫有响应。

• 单位
  苏州农业职业技术学院; 南京农业大学