我国人群感染指环病毒的高通量测序分析

作者：程实; 范航; 孙强; 裴广倩; 安小平; 米志强; 张湘莉兰; 黄勇; 童贻刚

来源：中国病原生物学杂志, 2016, 11(10): 865-870.

DOI：10.13350/j.cjpb.161001

• 指环病毒
• 多重置换扩增(MDA)
• 输血传播病毒(TTV)
• 进化

目的分析我国人群感染指环病毒的多样性,为研究指环病毒科的感染与不同疾病发生以及宿主免疫状态之间的关系提供基础资料。方法从33份血液标本中提取病毒核酸,使用多重置换扩增技术富集指环病毒核酸,然后使用Ion Torrent PGM平台进行高通量测序,并进行生物信息学分析。结果共得到226个新的指环病毒序列,包括130条全序和96个ORF1。受检血液标本均检出包括TTV,TTMDV和TTMV等指环病毒;测序显示指环病毒中81.9%为TTV,48.5%的标本感染两个属以上的指环病毒。指环病毒ORF1至少81.13%发生变异,其中TTV属内也存在75.66%的变异,13.27%的序列在NCBI的核酸数据库中同源比对未成功。进化分析显示TTV基因3型又可分为3.1、3.2、3.3等3个亚型,以往命名的基因2型是基因3.3型的一个子分枝。新型TTV中51.9%属于基因3型。结论我国人群普遍感染指环病毒,以基因3型感染居多且基因组多样性高。

• 单位
  安徽医科大学; 病原微生物生物安全国家重点实验室; 军事医学科学院