甘蔗野生种割手密叶绿体基因组特征及种内系统进化关系

作者：余熙恺; 余泽怀; 张清; 张兴坦^*

来源：基因组学与应用生物学, 2023, 42(12): 1295-1310.

DOI：10.13417/j.gab.042.001295

• 甘蔗属
• 割手密
• 叶绿体基因组
• 系统发育分析
• 生物信息学

甘蔗野生种割手密(Saccharum spontaneum)为栽培种甘蔗提供了对多种病原菌与逆境具有抗性的优良性状。本研究基于已发表的群体重测序数据，组装并注释了来自亚洲、地中海、印度次大陆、非洲等地域的64个割手密的叶绿体基因组。组装结果显示，64个叶绿体基因组平均长度为141 185.72 bp, G+C含量平均为38.4%。长单拷贝(long single-copy, LSC)区域平均长度为83 062.8 bp,短单拷贝(short single-copy, SSC)区域平均长度为12 544 bp,反向重复a/b(inverted repeat a/b, IRa/b)区域平均长度为22 789.47 bp。64个叶绿体基因组均注释到132个基因。IR区域边界分析表明割手密的IR区域较保守，序列相似度为99.9%,边界未观察到明显的扩张与收缩。对割手密叶绿体的SSR注释发

• 单位
  中国农业科学院深圳农业基因组研究所; 广西大学