黄独DbGID1s基因克隆及生物信息学分析

作者：唐文芳; 徐升胜; 龙雯虹

来源：南方农业学报, 2021, 1-10.

• 黄独
• DbGID1s
• 基因克隆
• 赤霉素
• 生物信息学分析

【目的】获取黄独赤霉素受体（Gibberellin insensitive dwarf1）基因DbGID1s，并获得序列的生物学信息及系统发育进化树。【方法】采用RT-PCR从黄独克隆DbGID1s基因，对其核苷酸序列及其推导的氨基酸序列进行生物信息学分析，并构建蛋白系统发育进化树。【结果】从黄独中克隆获得4条DbGID1s基因序列（DbGID1A、DbGID1B1、DbGID1B2和DbGID1C），长度为862、1273、1081和1164 bp，GenBank登录号为MT648372、MT648374、MT648375和MT648373，分别编码292、340、289和360个氨基酸残基。4个DbGID1s蛋白为不稳定的外在膜亲水性蛋白，且无信号肽序列，含有S、D和H催化联合位点和S、T、Y多个磷酸化位点，以及激素酶感酯酶（HSL）蛋白特殊的功能保守域（HGG和GXSXG）；二级结构由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲组成；三级结构建模具有GID1-DELLA晶体结构和水稻GID1结构。DbGID1s与其他物种GID1序列具有较高的相似性，其中与山药GID1序列的相似性最高，达90%。【结论】4个DbGID1s蛋白属于α/β折叠水解酶超级家族，且与HSL家族蛋白结构相似，说明其可能具有HSL蛋白的功能，推测DbGID1s基因具有调控黄独组织休眠的功能。

• 单位
  云南农业大学