菠萝蜜茎叶全长转录组分析

作者：潘敏; 于旭东; 蔡泽坪^*; 李佳佳; 罗佳佳; 周丹; 楚文清; 瞿倩

来源：热带作物学报, 2020, 41(07): 1288-1297.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2020.07.002

• 菠萝蜜
• 全长转录组
• 功能注释

菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)是热带地区重要的木本植物,具有较高的经济价值。试验以菠萝蜜正常及叶绿素合成缺失突变体幼苗为研究材料,在PacBio Sequel平台上进行茎叶全长转录组测序,最终得到95 701个Isforms,在对转录本进行聚类纠错后利用NR、NT、GO、KOG、KEGG、Swiss-Prot、InterPro 7个数据库进行功能注释,共有93 367个转录本被注释。七大数据库中分别有92 187(NR)、90 326(NT)、74 548(Swiss-Prot)、75 396(KEGG)、77 022(KOG)、81 906(InterPro)和65 500(GO)个转录本获得功能注释。共检测到85 091个CDS和55 608个SSR序列,并预测到了4 753个转录因子(Transcription Factors,TFs),1 667个转录调控子(Transcriptional Regulators,TRs)以及4 710个受体激酶(Receptor-like Kinases,RLKs)。

• 单位
  海南大学; 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所