本发明提供一种多源异构数据处理方法和系统。通过获取若干种类型的数据样本集,数据样本集包括缺失数据和完整数据;根据数据样本集的类型获取相应的初始生成对抗网络;对初始生成对抗网络进行训练,得到若干个训练后的生成对抗网络,若干个训练后的生成对抗网络形成多源数据处理模型;基于多源数据处理模型对待处理数据进行数据插补处理和/或数据增强处理。通过对不同的数据匹配各自的生成对抗网络,进而可以对所有的多源异构数据进行处理,从而建立起统一的数据处理方法,提高了多源异构数据的处理效率。