本发明公开了一种梯级水库防洪库容联合优化方法及系统,本发明方法针对具有共同下游防洪目标、且区间无防洪要求的梯级水库,搜集各个水库的特征参数、坝址及区间径流资料,基于梯级水库水力联系特点与调度要求,对梯级水库防洪库容进行聚合分解,并推导梯级水库防洪库容的联合优化设计公式,以汛期发电量最大为目标,确定每座水库优化设计的防洪库容。本发明能够充分考虑梯级水库防洪库容的互补等效关系,克服单座水库设计防洪库容的局限性,为汛期梯级水库联合优化设计和调度提供重要的参考依据。