基于多能干细胞的Alport综合征的microRNA差异性表达与碱基编辑功能分析

作者：陈文标; 彭武建; 林小聪; 戴勇

来源：广东医学, 2014, 35(22): 3484-3489.

DOI：10.13820/j.cnki.gdyx.2014.22.014

• Alport综合征
• 微小核糖核酸
• 高通量测序
• 差异性表达
• 碱基编辑

目的分析Alport综合征(AS)的诱导多能干细胞(iP SCs)全基因微小核糖核酸(microRNA)的表达谱,筛选出具有差异性表达的microRNA与发生碱基突变的microRNA。方法收集1例AS患者与1例健康人的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,尿肾脏管细胞分化诱导成iP SCs。运用高通量测序方法对iP SCs的microRNA进行测序与表达量测定,比较分析两人microRNA的表达差异,寻找具有特异性的microRNA靶点。同时,将microRNA序列与miRBase数据库(http://www.mirbase.org/)中已知成熟microRNA序列进行比对,比较两标本microRNA碱基编辑数量,找出发生了碱基突变的microRNA。结果在两人标本中发现30个microRNA具有显著的差异性表达,其中19个microRNAs表达上调,11个microRNA表达下调。has-miR-3117-3p的倍比值(log2Ratio)为7.79,在表达上调的microRNA最具有特异性;has-miR-544b的倍比值为-9.09,在表达下调的microRNA最具有特异性。同时在两标本中共有208个microRNA发生了碱基突变,其中104个microRNA,AS患者发生碱基编辑概率比健康人大;77个microRNA,健康人发生碱基编辑概率比AS患者大。结论 AS患者与健康人肾脏组织中的microRNA存在差异性,AS发生碱基编辑引起基因突变的microRNA比健康人更常见。这些差异性表达的microRNAs与microRNA碱基突变的概率可能在AS发病机制中起重要作用。

• 单位
  广东医科大学; 广东省深圳市人民医院; 深圳市第三人民医院; 暨南大学; 第二临床医学院