非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测

作者：罗世民; 李中波^*

来源：江苏农业科学, 2023, 51(16): 141-146.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2023.16.020

• 非洲猪瘟病毒
• B646L基因
• p72蛋白
• 序列分析
• 结构预测
• 抗原表位预测

为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点，及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位，利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析；运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测；运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明，非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1 941 bp,其中，碱基A含量为26.9%,T含量为28.9%,G含量为24.2%及C含量为20.0%,A+T的含量为55.8%,G+C的含量为44.2%,AT含量显著高于GC含量；该序列共编码646个氨基酸，p72蛋白大小为76 ku;在整个p72蛋白分子的二、三级结构中，α-螺旋占19.35%,β-转角占5.42%,无规卷曲占50.15%,扩展链为25.08%,以无规卷曲为主要结构；该蛋白存在细胞质的概率最大，其次是细胞核，存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低；p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为12～18 aa、27～37 aa、45～55 aa、77～88 aa、110～120 aa; T淋巴细胞优势抗原表位分别为203～212 aa、298～307 aa、520～531 aa。说明非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列呈明显AT偏好性；p72蛋白为一亲水性蛋白，其高级结构主要以无规卷曲为主，且具有B、T淋巴细胞优势抗原表位，是检测试剂和疫苗研发的理想靶标。

• 单位
  怀化职业技术学院