滇黄精全长转录组测序及生物信息学分析

作者：米琪; 赵艳丽; 徐萍; 于梦雯; 张萱; 涂振华; 李春华; 郑国伟; 陈佳

来源：药学学报, 2024, 59(06): 1864-1872.

DOI：10.16438/j.0513-4870.2023-1259

• 滇黄精
• 全长转录组
• 种质资源
• 多糖合成

本文通过PacBio Sequel平台对滇黄精根茎进行全长转录组测序,并对测序结果进行生物信息学分析,旨在为滇黄精基因功能的研究提供参考。最终测得polymerase reads为1 120 485个,总数据共77.73 GB。在NR数据库中,有41 864个同源序列比对到5个物种;有40 506个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有69 060个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的32个功能组;有45 779个注释到KEGG数据库的145条代谢途经中,其中鉴定与多糖合成有关的转录本在糖酵解/糖异生代谢通路中有127条,淀粉和蔗糖代谢通路有144条,氨基酸糖和核苷酸糖代谢通路有85条,果糖和甘露糖代谢通路有69条;此外还检测到1 781个转录因子,分布在37个转录因子家族中;检测到了180 293个SSR位点,其中以单碱基重复占比最多,占所有碱基重复类型的30.48%,最少的是五碱基重复,仅为单碱基重复的0.14%。本研究结果为丰富滇黄精基因组信息,探索其有效成生物合成途径提供重要的数据支持。

• 单位
  医药学院; 云南中医药大学