牡丹EST资源的SSR信息分析

作者：侯小改; 王娟; 郭大龙; 刘改秀; 马慧丽; 王小燕

来源：湖南农业大学学报(自然科学版), 2011, (02): 172-176.

• 牡丹
• 表达序列标签
• 简单重复序列
• 频率
• 特征 tree peony
• expressed sequence tag(EST)
• simple sequence repeat(SSR)
• frequency
• characteristics

首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。

• 单位
  中国洛阳国家牡丹基因库