基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性(英文)

作者：黄景; 欧泽奎; 刘文广; 何毛贤^*

来源：热带海洋学报, 2020, 39(05): 1-18.

• 特异性位点扩增片段
• 塔形马蹄螺(Tectus pyramis)
• 遗传结构
• 种质资源

塔形马蹄螺(Tectus pyramis),海洋软体动物,广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中。文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术(SLAF-seq)对来自深圳(SZ)、三亚(SY)和西沙(XS)的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析。通过测序共获得115.74Mb读长数据,平均测序深度为337.87倍,测序质量值(Q30)平均为94.07%。研究获得118679个多态性SLAF标签,获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点(SNPs),其中有155个显著差异SNPs。3个群体的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)值分别为0.1441～0.1611和0.2537～0.2695。平均多态性信息含量(PIC)为0.2048～0.2176。通过系统发育树分析、主成分分析和聚类分析,将45个个体大致分为3个类群,每个群体的所有个体都可以聚类成一个类群。SZ和SY群体的遗传结构相似,遗传距离最低(0.2510),遗传分化系数Fst值最低(0.0818)。但XS与其他两个群体间的遗传分化明显,尤其是XS和SZ群体(Fst=0.1868)。3个群体的遗传分化可能与海流和地理位置有关。

• 单位
  中国科学院大学; 中国科学院南海海洋研究所