PALB2是一种与乳腺癌免疫浸润相关的预后生物标志物

作者：王月; 周亮^*; 刘丽芳; 梁黎昕

来源：标记免疫分析与临床, 2023, 30(07): 1187-1199.

• 乳腺癌
• PALB2
• 癌症基因组图谱数据库
• 预后

目的 分析PALB2在乳腺癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载乳腺体癌患者的STAR-Counts数据、临床资料，获得了表达数据59 427个和临床数据(1 086个肿瘤样本)。TIMER数据库分析泛癌中PALB2基因表达情况。根据临床数据排除临床病理参数缺失的患者，留下1 113例乳腺癌组织和113例癌旁组织的PALB2 mRNA表达进行差异分析、配对差异分析。绘制Kaplan-Meier生存曲线和ROC曲线，分析PALB2 mRNA表达与预后的关系，绘制生存列线图。使用GSEA软件进行GO、KEGG、GSEA富集分析，探讨PALB2在乳腺癌进展中的作用。对样本进行机制评分和免疫评分，观察肿瘤微环境的得分在高、低表达组之间是否具有差异。使用肿瘤免疫估计资源(TIMER https://cistrome.shinyapps.io/timer/),评估不同组中PALB2与免疫检查点之间的关系，进一步分析PALB2对乳腺癌的影响，指导临床免疫治疗。基于药物基因组学数据库(GDSC,https://www.cancerrxgene.org/),预测药物敏感性。结果 通过TIMER数据库检测PALB2在33种癌组织中的表达差异情况，发现PALB2在乳腺浸润癌(BRCA)、胆管癌(CHOL)、结肠癌(COAD)等10种恶性肿瘤中上调(P<0.01)。乳腺癌肿瘤组织中PALB2表达量显著高于癌旁组织。Kaplan-Meier生存曲线分析发现，高表达组总生存期(OS)及无进展生存期(PFS)均明显低于低表达组。ROC曲线分析发现，PALB2表达预测1、3、5年生存概率的曲线下面积(AUC)分别为0.508、0.466、0.508。PALB2 mRNA的表达量在年龄分组、T分期、M分期中差异无统计学意义。在N分期中，PALB2 mRNA的表达量在N3与N0、N1和N2之间差异具有统计学意义。PALB2与CCP110、C16orf72、NFATC2IP、DHX9等25个基因均具有共表达的关系。C22orf31、GAS2L1P2、SMCR等基因表达在PALB2的高、低表组中差异具有统计学意义。通过GSEA富集分析可见，补体和凝血级联、神经活性配体受体相互作用、PPAR信号通路、朊病毒疾病信号通路在PALB2的低表达组活跃、核糖体信号通路在PALB2的高、低表达组均活跃。通过肿瘤微环境差异分析，显示基质评分、免疫评分、综合评分在PALB2基因的高、低表达组差异具有统计学意义。根据药物敏感性分析，结果显示5-氟尿嘧啶、Cyclopamine、Methotrexate(甲氨蝶呤)等药物的敏感性在PALB2基因的高低表达组之间差异具有统计学意义。免疫治疗分析结果显示，低表达组接受免疫治疗的效果优于高表达组。结论 PALB2在乳腺癌组织中表达明显上调，其高表达预示乳腺癌患者预后不佳，PALB2可作为影响乳腺癌患者预后的一种生物学标志物，并作为潜在的治疗靶点。

• 单位
  湖南中医药大学第一附属医院