维甲酸对广义颅面短小畸形致病基因影响的生物信息学分析

作者：珊巴嘎; 马伦昆; 胥曦; 孙鹏飞; 舒凯翊; 孙铁成; 刘炳阳; 黄长瑾; 唐晓军; 张智勇^*

来源：中国美容整形外科杂志, 2022, 33(04): 241-259.

• 广义颅面短小畸形
• 半面短小
• 维甲酸
• 基因
• 风险因素

目的 通过生物信息学方法预测维甲酸影响广义颅面短小畸形（expanded spectrum of craniofacial macrosomia,eCFM）的致病基因。方法 2021年5月，中国医学科学院整形外科医院颅颌面中心基于文献检索到eCFM的致病基因43个，结合比较毒理基因组学数据库（comparative toxicogenomics database, CTD）获得维甲酸作用的靶点基因。通过STRING数据库获取维甲酸靶点基因和致病基因的蛋白互作（protein-protein interaction, PPI）网络。通过子网络排序分析，预测潜在的致病基因。结果 (1)通过文献检索获得43个eCFM致病基因。(2)CTD数据库中检索获得6027个维甲酸作用靶点基因。(3)构建PPI网络中包括73个节点蛋白和313条互作关系。平均节点度为8.58，聚集系数0.541。分析节点基因本体和通路。(4)筛选出15个维甲酸致畸最关键的基因：TP53、JUN、CTNNB1、MAPK1、CREB1、HIF1A、PPARG、RELA、SMAD3、NFKB1、SMAD4、GATA4、POU5F1、GATA3、PAX6、NKX2-5、PTPN11。结论 对多病因复杂致病机制的广义颅面短小畸形使用生物信息学方法分析具有可行性。后期将重点研究CTNNB1、NKX2-5、PTPN11在维甲酸致病中的关键作用。

• 单位
  中国医学科学院北京协和医学院