被诉行政行为被判决确认违法,且案件中存在可保护权益,却因行政机关未依法进行公证或制作证据清单等证据固定工作,从而使人民法院在判决行政赔偿案件时,对我国法律保护的实体性合法权益难以认定或酌情确定。考虑到行政机关通过行政程序自行处理更有利于进一步明确被拆建筑物的结构、价值等损失的具体情况,更有利于矛盾的最终妥善化解和行政争议的实质解决,法院判决责令行政机关作出赔偿决定。