2012年～2016年广东省猪丁型冠状病毒的流行病学调查及分析

作者：宋亚兵; 徐帅飞; 苏丹萍; 石坚; 贺东生^*

来源：中国预防兽医学报, 2018, 40(10): 886-890.

• 猪丁型冠状病毒
• 流行
• 全基因组序列
• 遗传进化

为调查广东省猪丁型冠状病毒(PDCoV)的流行情况,本研究对2012年～2016年采集的420份猪腹泻病料样品进行RT-PCR检测,并对其中一株PDCoV(PDCoV/CHGD/2016)进行全基因组扩增、测序及遗传进化分析。RT-PCR检测结果显示,PDCoV的阳性率为13.33%,PDCoV/猪流行性腹泻病毒混合感染率为5.95%。基因测序显示PDCoV/CHGD/2016全基因组长度为25 419 bp。全基因同源性分析显示PDCoV/CHGD/2016与3个中国病毒株(PDCoV/CHJXNI2/2015、CHN-JS-2014、CHN-HB-2014)的同源性最高,达99.4%,与两个泰国病毒株的同源率最低,为97.4%;S蛋白氨基酸同源性分析显示,PDCoV/CHGD/2016与其它PDCoV株间的同源率为95.9%～99.3%,其中与PDCoV/CHJXNI2/2015同源率最高,与泰国株的同源性最低。全基因组序列和S蛋白氨基酸序列系统进化树结果表明,PDCoV/CHGD/2016与PDCoV形成一个小的分支,亲缘关系相近,而与鸟丁型冠状病毒亲缘关系较远。本研究为后续PDCoV的诊断防控、病毒学研究提供参考和数据依据。

• 单位
  广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室; 华南农业大学